L'AFSEP a pour buts de promouvoir les méthodes physico-chimiques de séparation dans tous les domaines d'activité et de contribuer à leur développement, de favoriser les échanges entre personnes des secteurs public et privé qui les conçoivent, les développent, les utilisent et construisent des instruments basés sur elles, de promouvoir la formation initiale et continue en sciences séparatives et l'insertion professionnelle des jeunes diplômés dans cette spécialité.
L AFSEP se compose de 6 sections régionales, du Club Jeunes et de groupes thématiques.
C'est possible pour une cotisation modique en adhérant à l'AFSEP par le biais de l'une de ces sections régionales ou de l'un de ces groupes thématiques. Les sections régionales (Club Lyonnais, Club Ile-de-France, Club Val-de-Seine, Club Sud-Ouest, Club Ouest Atlantique) proposent, par année, 3 réunions d'une journée (2 les années impaires pour lesquelles les congrès de la série Sep sont organisés) sur des thèmes définis à l'avance par leur comité de gestion.Les groupes thématiques FFF (fractionnement par couplage flux-force) et électrophorèse capillaire organisent également au moins 2 journées scientifiques par an. Il existe aussi au sein de l'AFSEP un Club-Jeunes national qui organise au moins une journée par an. Les années paires, l'AFSEP, en partenariat avec l'une de ses sections régionales, vous proposera une journée scientifique nationale, commune à l'ensemble des sections régionales. Les membres de l'AFSEP (à jour de leur cotisation annuelle) peuvent participer à leur gré (c'est-à-dire, sans autre droit d'inscription) à l'ensemble des journées scientifiques organisées sous son égide. En règle générale, les présentations scientifiques sont données en langue française.
