Vendredi 21 mars 2025 - En distanciel
Des formations courtes (également connus sous le nom de Workshop) seront proposées la semaine précédant l’ouverture officielle du congrès SEP 25, soit le vendredi 21 mars 2025 matin (9h30-12h30) et après-midi (14h00-17h00). Ces formations courtes seront données par des scientifiques de premier plan du monde académique ou industriel, et couvriront à la fois des aspects fondamentaux et des exemples d’application. Ces formations fourniront de précieuses connaissances techniques nécessaires pour mettre en œuvre des techniques séparatives et des solutions visant à améliorer la productivité, mais également pour comprendre les technologies et les besoins analytiques de demain. Chaque formation durera 3 heures et sera dispensée par 2 intervenants aux compétences complémentaires, afin d’enrichir les discussions.
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Traitement de données : réseaux moléculaires et chimiométrie
Le cours portera sur l’ensemble du traitement des données métabolomiques par spectrométrie de masse, depuis la donnée brute jusqu’à l’identification structurale. Les différentes étapes de l’analyse seront discutées successivement (traitement des données, normalisation, statistiques et annotation), ainsi que la gestion des workflows bioinformatiques. Dans la section statistique seront abordés notamment l’analyse exploratoire, les méthodes d’apprentissage statistique, la sélection de variables ainsi que l’intégration des données. Dans la partie consacrée à l’annotation, seront présentés les outils de génération de formule brute à partir des données HRMS et de traitement des données MS/MS (classification par réseau moléculaire, prédiction de spectres MS/MS …). Le cours sera illustré par de nombreux exemples dans le domaine biomédical et des produits naturels (plantes, microorganismes).
| David Touboul Laboratoire de Chimie Moléculaire (LCM), Ecole Polytechnique, Institut Polytechnique de Paris. |
Etienne Thévenot Equipe sciences des données métabolomiques (Odiscé) - Laboratoire d’Innovations en Spectrométrie de Masse pour la Santé (CEA, Saclay) |
| David Touboul est un spécialiste de spectrométrie de masse et des méthodes couplées. Il a obtenu son doctorat en 2006 en imagerie par spectrométrie de masse. Il a effectué deux ans de post-doctorat à l’ETH Zurich dans le domaine de l’étude des interactions non-covalentes par spectrométrie de masse. Il a ensuite été recruté à l’Institut de Chimie des Substances Naturelles en 2008 en tant que chargé de recherche puis directeur de recherche en 2020. Il a dirigée l’équipe de recherche en spectrométrie de masse de 2019 à 2023 en développant des nouvelles méthodologies en imagerie par spectrométrie, en chimie structurale en phase gazeuse et dans le domaine des couplages chromatographiques, en particulier en SFC. Il a aussi mené des travaux dans le domaine de l’analyse de données via les outils de réseaux moléculaires. Depuis 2023, il a intégré le Laboratoire de Chimie Moléculaire à l’Ecole Polytechnique où il occupe aussi un poste de Professeur Chargé de Cours. Ses travaux de recherche ont été récompensés par la médaille de Bronze du CNRS en 2014. Il est membre du bureau du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) depuis 2020. | Etienne Thévenot, directeur de recherche en informatique, développe depuis plus de 15 ans avec son équipe des méthodes innovantes en traitement du signal et en apprentissage statistique pour le traitement, l’annotation et l’intégration des données de spectrométrie de masse haute résolution, intégrés dans des workflows bioinformatiques haut-débit adaptés aux enjeux de la métabolomique de population. Tous ces développements ont été implémentés dans 9 bibliothèques logicielles open source et sur la plateforme d'analyse en ligne Workflow4Metabolomics. Il est membre du bureau exécutif de l’infrastructure nationale de métabolomique et fluxomique (MetaboHUB). |
Nouvelles solutions en miniaturisation
L'évolution vers la miniaturisation a connu un essor considérable ces deux dernières décennies, en adéquation avec des problématiques à fort impact sociétal telles que la diminution de rejets et la consommation de matières, dans l'optique de limiter l’impact des activités humaines sur l’environnement. Ainsi des dispositifs microfluidiques variés, développés sur la base de différentes technologies, ont trouvé des applications dans de nombreux domaines tels que la synthèse chimique, les sciences de la vie, le développement de médicaments, le biomédical, l'agroalimentaire, l'environnement etc… Après une introduction très générale sur la microfluidique et quelques exemples de miniaturisation d'opérations, ce workshop portera principalement sur les microsystèmes analytiques. Différents niveaux de miniaturisation seront traités, concernant les étapes de préparation/préconcentration/extraction de l'échantillon, de séparation des analytes par des techniques électrophorétiques et chromatographiques et leur détection. La miniaturisation et l’intégration de ces étapes analytiques seront illustrées par des exemples d'application dans les domaines du diagnostic moléculaire, de la caractérisation des nano(bio)-entités et du secteur nucléaire. Des techniques séparatives émergentes basées sur la magnétophorèse et l'acoustofluidique seront également abordées. La dernière partie du workshop sera consacrée aux techniques de micro-fabrication.
| Carole Bresson Direction des Energies – Service de Physico- Chimie - Laboratoire de développement Analytique Nucléaire, Isotopique et Elémentaire (LANIE) - CEA centre de Saclay - Université Paris Saclay |
Duc T. Mai Institut Galien - Université Paris Saclay |
| Carole Bresson a obtenu son doctorat en chimie de coordination à l’Université Paul Sabatier de Toulouse en 1999 et poursuivi par un post doctorat dans la même discipline à l’Université libre de Bruxelles (Belgique) de 1999 à 2001. En 2002, elle a rejoint le Commissariat à l'Energie Atomique et aux énergies alternatives (Saclay) où elle a diversifié ses activités avec un intérêt particulier pour la chimie analytique et la physico-chimie des (radio)éléments. Ses recherches portent notamment sur l'analyse de la spéciation des (radio)éléments dans le domaine de la toxicologie nucléaire, des énergies nucléaires et renouvelables, ainsi que sur le développement de microsystèmes séparatifs et de leur couplage aux spectrométries de masse élémentaire et moléculaire |
Ses activités de recherche se portent essentiellement sur le développement de nouveaux systèmes et de nouvelles méthodes microfluidiques et électrocinétiques pour la préconcentration, la séparation et la détection de biomolécules (notamment des biomarqueurs à base de protéines / peptides dans des matrices biologiques complexes). Il s’intéresse également à la conception d'instruments d'électrophorèse capillaire, de microfluidique, de magnéto-immuno-essais et de laboratoire-sur-gouttes pour des applications telles que : l’analyse de biomolécules, l’analyse environnementale, le contrôle de la qualité des produits pharmaceutiques, nutraceutiques et des aliments. Depuis septembre 2017, il est maitre de conférences à la faculté de pharmacie – université Paris Saclay. En parallèle de la recherche menée à l’université Paris Saclay (pour le diagnostic et la nanomédecine), il effectue le transfert de technologie vers le Vietnam, dans le cadre de la stratégie d’externalisation scientifique initié il y a 12 ans avec la création de CE-Vietnam qui regroupe les activités de recherche et d'enseignement des différentes institutions au Vietnam autour de l’électrophorèse capillaire. Depuis 2023, il est membre du conseil d’administration de la ‘Society for Microscale Separations and Bioanalysis’ (SMSB). |
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Analyses pharmaceutiques des anticorps monoclonaux et des produits à base d'acides nucléiques
| Analyses des produits pharmaceutiques à base d’acides nucléiques | Méthodes séparatives et anticorps monoclonaux |
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Les produits thérapeutiques à base d’acides nucléiques ont le vent en poupe ! Les progrès récents dans la production, la modification et l'administration de molécules d'ARN ont facilité l'expansion des thérapies basées sur l'ARN (thérapies basées sur l'interférence ARN, les oligonucléotides antisens, thérapies à base de petits ARN activateurs, thérapies à base d'ARN circulaires et thérapies à base d'ARN messager). Leur succès est dû à leur efficacité dans des domaines où les besoins médicaux non satisfaits sont importants, tels que l'oncologie, les maladies génétiques, les maladies dégénératives et les infections virales. |
Avec aujourd’hui plus d’une dizaine de nouveaux biothérapeutiques approuvés chaque année (En Europe ou aux USA), les anticorps monoclonaux permettent de répondre à des besoins importants de traitements dans les domaines de l’immuno-oncologie et de l’immuno-inflammation mais aussi pour certaines maladies infectieuses. |
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Marianne Fillet |
Séverine Clavier |
| Marianne FILLET est professeur ordinaire au département de pharmacie de l'Université de Liège. Elle dirige le laboratoire d'analyse des médicaments et la plateforme de spectrométrie de masse. Ses thèmes de recherche portent sur le développement d'outils analytiques pour la découverte de biomarqueurs de maladies humaines et pour le contrôle de la qualité des médicaments (plus particulièrement les produits biopharmaceutiques et les oligonucléotides thérapeutiques). Son équipe de recherche développe également des solutions analytiques pour explorer les interactions médicament-cible et protéine-protéine dans un environnement proche de l’in-vivo. Elle est (co)auteur de plus de 233 articles évalués par des pairs, avec un indice H (Scopus) de 45. Elle a organisé plusieurs congrès nationaux ou internationaux, dont Drug Analysis/PBA 2014 et MSB 2022. |
Séverine Clavier est spécialisée dans la caractérisation de protéines par spectrométrie de masse. Après des études d’ingénieur chimiste et une spécialisation en chimie analytique à l’ECPM (Ecole chimie polymères et matériau de Strasbourg), elle a obtenu en 2014 un doctorat en protéomique de l’Université Pierre et Marie Curie (aujourd’hui Sorbonne Université). Elle a réalisé un post-doctorat à Utrecht aux Pays-Bas également dans le domaine de la protéomique avant de rejoindre Sanofi fin 2015. Elle est depuis 2021 responsable du laboratoire de Spectrométrie de Masse dans l’unité de Caractérisation des anticorps monoclonaux en cours de développement clinique sur le site Sanofi R&D de Vitry-sur-Seine |
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La chromatographie bi-dimensionnelle pour l'analyse des mélanges complexes
Malgré un pouvoir résolutif de plus en plus important, les techniques chromatographiques couplées à la spectrométrie de masse sont parfois limitées pour analyser des mélanges très complexes, que ce soit par leur nombre important de molécules (plusieurs centaines de pics) ou par la similitude des molécules d’intérêt (isomères de position, énantiomères). La chromatographie bidimensionnelle consiste à coupler deux colonnes chromatographiques permettant la mise en œuvre de mécanismes d’interactions différents. L’orthogonalité obtenue améliore de manière considérable la capacité de pics. Dans une première partie, Karine Faure présentera les grands principes de la chromatographie bidimensionnelle, puis l’instrumentation commerciale disponible en LCxLC. Les apports/limitations de la technique seront illustrés par des exemples d’analyse de mélanges industriels (pharmaceutique, chimie fine). Dans une deuxième partie, Jean-François Focant abordera les principes de base de la GC×GC avec un focus sur les différents types de modulateurs ainsi que le couplage à la spectrométrie de masse. Des exemples concrets seront abordés pour illustrer l’importance de la mise en œuvre de procédures de traitement des données robustes.
| Karine Faure Institut des Sciences Analytiques - CNRS - Université de Lyon |
Jean-François Focant University of Liège (ULiege), Belgium |
| Karine Faure est chercheuse CNRS au sein de l’Institut des Sciences Analytiques de Lyon. Ingénieure Chimie Toulouse, puis docteure de l’University College Cork (Irlande), elle a obtenu l’Habilitation à Diriger les Recherches en 2013. Dans l’équipe Chromatographie et techniques Couplées, elle s’intéresse au développement de séparations multidimensionnelles, préparatives ou analytiques, appliquées à la valorisation de produits naturels et à la caractérisation des produits de recyclage. Karine a co-présidé le Congrès SEP23 avec Yannis François. |
Jean-François (Jef) Focant is Full Professor at the Chemistry Department at ULiege in Belgium. Expert in multidimensional GC coupled to MS, his team develops and validate analytical methods for the measurement of (semi)volatile molecules present in complex matrices. His Organic and Biological Analytical Chemistry Laboratory is known for its focus on solving real-life analytical challenges to serve the general society. The diversity of applications is very large and covers fields such as forensics, food control, archeology, and much more. Major recent activities include metabolomics (volatolomics, breathomics), especially oriented to biomarker discovery in medical applications. The team also specializes in specific chemometric solutions for feature selections over large data sets from multi-class studies. |
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